La comparaison et le typage microbien en 2022 / Jean-Winoc Decousser in Hygiènes, 30 (6) (décembre 2022)

Public ISBD [article]  inHygiènes > 30 (6) (décembre 2022) . - pp. 376-381 Titre : La comparaison et le typage microbien en 2022 Type de document : texte imprimé Auteurs : Jean-Winoc Decousser, Auteur Année de publication : 2022 Article en page(s) : pp. 376-381 Langues : Français (fre) Catégories : Information sanitaire:Mesure santé:Indicateur santé:Valeur référence MALADIE VIRALE Mots outils [NI]:Méthodologie:Technique mesure Organisme vivant:Microorganisme Organisme vivant:Microorganisme:Bactérie Phénomène épidémiologique:Contagion Pratique médicale:Recherche médicale:Epidémiologie Soins:Hygiène hospitalière Spécialité [NI]:Spécialité médicale:Biologie:Microbiologie Variable épidémiologique:Risque:Facteur risque:Exposition Résumé : Pour ce second volet, nous allons aborder les techniques de typage et de comparaison de souches microbiennes disponibles et utilisées en 2022. Historiquement, la comparaison des souches ou isolats a concerné très majoritairement les bactéries : les techniques, nombreuses quoique le plus souvent artisanales (dites « maison »), étaient relativement faciles d’accès. Leur interprétation était néanmoins difficile et leurs résultats variables selon les laboratoires. Certaines approches étaient pourtant standardisées, certains fabricants de réactifs de laboratoire commercialisant des trousses prêtes à l’emploi voire des solutions complètement intégrées. Concernant les virus, la comparaison des isolats viraux a très longtemps été réservée aux centres de référence qui utilisaient la technique de séquençage d’un gène ou d’une partie précise du génome viral. La pandémie de SARS–CoV-21 a démocratisé le séquençage donc le typage des isolats et les comparaisons inter-échantillons des séquences d’intérêt. Pour les champignons et les parasites, les difficultés de réalisation et d’interprétation ont conduit à réserver cette activité aux centres hyperspécialisés et notamment aux centres nationaux de référence. Ce domaine de la microbiologie a connu sa révolution au début des années 2000 avec l’apparition, le développement puis la diffusion des techniques de séquençage de nouvelle génération (Next generation sequencing [NGS]) [1]. Ces techniques permettent de séquencer en même temps une grande quantité de matériel génétique pour ensuite reconstruire tout ou partie du génome des micro-organismes. La « déferlante » du NGS a tout emporté sur son passage et, au moins pour les bactéries, a remplacé la quasi-totalité des autres méthodes de comparaison des souches. Nous aurons l’occasion dans un prochain article de revenir sur la révolution technique apportée par le NGS. Localisation OPAC : Montbrison Support (OPAC) : Article de revue [article] La comparaison et le typage microbien en 2022 [texte imprimé] / Jean-Winoc Decousser, Auteur . - 2022 . - pp. 376-381. Langues : Français (fre) in Hygiènes > 30 (6) (décembre 2022) . - pp. 376-381 Catégories : Information sanitaire:Mesure santé:Indicateur santé:Valeur référence MALADIE VIRALE Mots outils [NI]:Méthodologie:Technique mesure Organisme vivant:Microorganisme Organisme vivant:Microorganisme:Bactérie Phénomène épidémiologique:Contagion Pratique médicale:Recherche médicale:Epidémiologie Soins:Hygiène hospitalière Spécialité [NI]:Spécialité médicale:Biologie:Microbiologie Variable épidémiologique:Risque:Facteur risque:Exposition Résumé : Pour ce second volet, nous allons aborder les techniques de typage et de comparaison de souches microbiennes disponibles et utilisées en 2022. Historiquement, la comparaison des souches ou isolats a concerné très majoritairement les bactéries : les techniques, nombreuses quoique le plus souvent artisanales (dites « maison »), étaient relativement faciles d’accès. Leur interprétation était néanmoins difficile et leurs résultats variables selon les laboratoires. Certaines approches étaient pourtant standardisées, certains fabricants de réactifs de laboratoire commercialisant des trousses prêtes à l’emploi voire des solutions complètement intégrées. Concernant les virus, la comparaison des isolats viraux a très longtemps été réservée aux centres de référence qui utilisaient la technique de séquençage d’un gène ou d’une partie précise du génome viral. La pandémie de SARS–CoV-21 a démocratisé le séquençage donc le typage des isolats et les comparaisons inter-échantillons des séquences d’intérêt. Pour les champignons et les parasites, les difficultés de réalisation et d’interprétation ont conduit à réserver cette activité aux centres hyperspécialisés et notamment aux centres nationaux de référence. Ce domaine de la microbiologie a connu sa révolution au début des années 2000 avec l’apparition, le développement puis la diffusion des techniques de séquençage de nouvelle génération (Next generation sequencing [NGS]) [1]. Ces techniques permettent de séquencer en même temps une grande quantité de matériel génétique pour ensuite reconstruire tout ou partie du génome des micro-organismes. La « déferlante » du NGS a tout emporté sur son passage et, au moins pour les bactéries, a remplacé la quasi-totalité des autres méthodes de comparaison des souches. Nous aurons l’occasion dans un prochain article de revenir sur la révolution technique apportée par le NGS. Localisation OPAC : Montbrison Support (OPAC) : Article de revue

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Gestion des infections respiratoires à l’hôpital à l’ère de la Covid-19 / Jean-Winoc Decousser in Hygiènes, 31 (4) (septembre 2023)  

Public ISBD [article]  inHygiènes > 31 (4) (septembre 2023) . - pp. 301-306 Titre : Gestion des infections respiratoires à l’hôpital à l’ère de la Covid-19 : enseignements et réflexions multidisciplinaires Type de document : texte imprimé Auteurs : Jean-Winoc Decousser, Auteur ; François ARDITTY, Auteur ; Jean-Sébastien CASALEGNO, Auteur ; et al. Année de publication : 2023 Article en page(s) : pp. 301-306 Langues : Français (fre) Catégories : MALADIE VIRALE Pathologie:Infection Pathologie:Infection:Virose:Grippe Phénomène épidémiologique:Epidémie ~termes non classés:Covid-19 ~termes orphelins:Apnée du sommeil ~termes orphelins:Prévention médicale Résumé : La pandémie de Covid-19 a soumis l’ensemble du système de soin hospitalier à une tension sans précédent. La gestion des patients et l’organisation des personnels dans les différents services ont été bouleversées. Cette crise a également eu un impact majeur sur les pics saisonniers des autres infections respiratoires. Un certain nombre d’enseignements et d’améliorations peuvent être tirés de cette période pour mieux comprendre et appréhender les prochaines épidémies hivernales de virus respiratoires. Une table ronde multidisciplinaire rassemblant des cliniciens, des virologues et des hygiénistes de différents établissements a permis d’analyser les problématiques spécifiquement rencontrées dans les services de gériatrie, de pédiatrie et des urgences, et de discuter des solutions techniques et organisationnelles adoptées pour améliorer le diagnostic des patients, fluidifier leur prise en charge et éviter des traitements antibiotiques inutiles. Les retours d’expérience des intervenants de cette table ronde ont montré l’importance de l’usage des tests moléculaires diagnostiques, de leur adéquation avec les épidémies en cours et de leur rapidité d’exécution, mais aussi celle des mesures de prévention qu’il faudrait étendre ou mettre en place dans les services pour permettre aux équipes soignantes de limiter les risques de transmission croisée, de mieux gérer les futurs épisodes épidémiques et de rationaliser la prescription des anti-infectieux. Localisation OPAC : Montbrison Support (OPAC) : Article de revue En ligne : https://www.hygienes.net/publication-scientifique/gestion-des-infections-respira [...] [article] Gestion des infections respiratoires à l’hôpital à l’ère de la Covid-19 : enseignements et réflexions multidisciplinaires [texte imprimé] / Jean-Winoc Decousser, Auteur ; François ARDITTY, Auteur ; Jean-Sébastien CASALEGNO, Auteur ; et al. . - 2023 . - pp. 301-306. Langues : Français (fre) in Hygiènes > 31 (4) (septembre 2023) . - pp. 301-306 Catégories : MALADIE VIRALE Pathologie:Infection Pathologie:Infection:Virose:Grippe Phénomène épidémiologique:Epidémie ~termes non classés:Covid-19 ~termes orphelins:Apnée du sommeil ~termes orphelins:Prévention médicale Résumé : La pandémie de Covid-19 a soumis l’ensemble du système de soin hospitalier à une tension sans précédent. La gestion des patients et l’organisation des personnels dans les différents services ont été bouleversées. Cette crise a également eu un impact majeur sur les pics saisonniers des autres infections respiratoires. Un certain nombre d’enseignements et d’améliorations peuvent être tirés de cette période pour mieux comprendre et appréhender les prochaines épidémies hivernales de virus respiratoires. Une table ronde multidisciplinaire rassemblant des cliniciens, des virologues et des hygiénistes de différents établissements a permis d’analyser les problématiques spécifiquement rencontrées dans les services de gériatrie, de pédiatrie et des urgences, et de discuter des solutions techniques et organisationnelles adoptées pour améliorer le diagnostic des patients, fluidifier leur prise en charge et éviter des traitements antibiotiques inutiles. Les retours d’expérience des intervenants de cette table ronde ont montré l’importance de l’usage des tests moléculaires diagnostiques, de leur adéquation avec les épidémies en cours et de leur rapidité d’exécution, mais aussi celle des mesures de prévention qu’il faudrait étendre ou mettre en place dans les services pour permettre aux équipes soignantes de limiter les risques de transmission croisée, de mieux gérer les futurs épisodes épidémiques et de rationaliser la prescription des anti-infectieux. Localisation OPAC : Montbrison Support (OPAC) : Article de revue En ligne : https://www.hygienes.net/publication-scientifique/gestion-des-infections-respira [...]

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Pseudomonas aeruginosa / Sara Romano-Bertrand in Hygiènes, 32 (3) (juin 2024)

Public ISBD [article]  inHygiènes > 32 (3) (juin 2024) . - pp. 239-248 Titre : Pseudomonas aeruginosa : de l’environnement hospitalier aux infections associées aux soins Type de document : texte imprimé Auteurs : Sara Romano-Bertrand, Auteur ; VIRIEUX-PETIT, Maxine, Auteur ; Jean-Winoc Decousser, Auteur Année de publication : 2024 Article en page(s) : pp. 239-248 Langues : Français (fre) Catégories : Alimentation MALADIE INFECTIEUSE MALADIE VIRALE Mots outils [NI]:Prévention Organisme vivant:Microorganisme:Bactérie Pathologie:Infection Phénomène épidémiologique:Epidémie Résumé : Pseudomonas aeruginosa est une bactérie pathogène opportuniste fréquemment impliquée dans les infections associées aux soins (IAS), particulièrement dans les services d’oncohématologie, de réanimation, et prenant en charge des patients brûlés. Sa multirésistance naturelle et sa capacité à développer des résistances acquises aux antibiotiques compliquent la prise en charge des infections observées chez ces patients fragiles. Cette bactérie d’origine hydrique trouve son réservoir principalement dans les réseaux d’alimentation en eau. En milieu de soins, les environnements humides et les dispositifs médicaux exposés à l’eau peuvent constituer des niches ou des relais d’infections et d’épidémies d’IAS. La surveillance de la qualité microbiologique de l’eau dans les services à risque constitue une mesure majeure de prévention des IAS à P. aeruginosa. En cas d’investigation d’IAS ou d’épidémie, des prélèvements environnementaux conséquents sont nécessaires afin de rechercher la source de P. aeruginosa. La comparaison des souches cliniques et environnementales nécessite l’utilisation de méthodes de typage moléculaire. Enfin, la prévention des IAS à P. aeruginosa repose sur la mise en place de mesures de contrôle de l’environnement hydrique. Localisation OPAC : Montbrison Support (OPAC) : Article de revue [article] Pseudomonas aeruginosa : de l’environnement hospitalier aux infections associées aux soins [texte imprimé] / Sara Romano-Bertrand, Auteur ; VIRIEUX-PETIT, Maxine, Auteur ; Jean-Winoc Decousser, Auteur . - 2024 . - pp. 239-248. Langues : Français (fre) in Hygiènes > 32 (3) (juin 2024) . - pp. 239-248 Catégories : Alimentation MALADIE INFECTIEUSE MALADIE VIRALE Mots outils [NI]:Prévention Organisme vivant:Microorganisme:Bactérie Pathologie:Infection Phénomène épidémiologique:Epidémie Résumé : Pseudomonas aeruginosa est une bactérie pathogène opportuniste fréquemment impliquée dans les infections associées aux soins (IAS), particulièrement dans les services d’oncohématologie, de réanimation, et prenant en charge des patients brûlés. Sa multirésistance naturelle et sa capacité à développer des résistances acquises aux antibiotiques compliquent la prise en charge des infections observées chez ces patients fragiles. Cette bactérie d’origine hydrique trouve son réservoir principalement dans les réseaux d’alimentation en eau. En milieu de soins, les environnements humides et les dispositifs médicaux exposés à l’eau peuvent constituer des niches ou des relais d’infections et d’épidémies d’IAS. La surveillance de la qualité microbiologique de l’eau dans les services à risque constitue une mesure majeure de prévention des IAS à P. aeruginosa. En cas d’investigation d’IAS ou d’épidémie, des prélèvements environnementaux conséquents sont nécessaires afin de rechercher la source de P. aeruginosa. La comparaison des souches cliniques et environnementales nécessite l’utilisation de méthodes de typage moléculaire. Enfin, la prévention des IAS à P. aeruginosa repose sur la mise en place de mesures de contrôle de l’environnement hydrique. Localisation OPAC : Montbrison Support (OPAC) : Article de revue

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